DNAnexus:做掉美国生物技术中心云平台

火石特约记者:任海 2016-10-28 13:31 新媒体 来源:思达派 查看原文

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打造DNA云数据库,用“网络云”解决人类基因组数据存储和分析的问题正逐步被全世界的科研人员所接受。在众多DNA云数据库中,DNAnexus不仅联手谷歌“做掉”了美国国家生物技术信息中心的SRA网站,更是获得了中国药明康德公司1500万美金的D轮融资。DNAnexus究竟是如何玩转DNA云数据市场的呢?

火石特约记者:任海

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公司名片

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公司名称:DNAnexus

创立时间:2009年

公司属地:美国加州

所属行业:生物信息

公司网址:www.DNAnexus.com

公司CEO:Richard Daly

专注领域:DNA云数据存储服务、DNA数据分析服务


公司简介


DNAnexus致力于建立云计算服务器中的DNA数据库,即“云端DNA数据库”,然后以有偿和无偿服务的方式将该数据库资料提供给有科研需求的科研人员使用。


DNAnexus的数据主要储存于谷歌的云计算服务器中,存放在云端管理的DNA 数据库,既可为不同的实验室提供安全、合规的云平台,也可以解决DNA的数据管理和测序分析等挑战带来的问题。目前,DNAnexus基因数据库已成为谷歌云服务器中最大的第三方数据资料库。


最初,科研人员通过美国国家生物技术信息中心(NCBI)下的SRA网站访问到DNAnexus公司的DNA数据库。但随着DNAnexus基因数据库的稳步发展,美国国家生物技术信息中心看到了其价值,开始放弃SRA,并将SRA下的所有数据全部转赠给DNAnexus平台,转而全力扶持DNAnexus。2015年4月,中国药明康德公司向DNAnexus注资1500万美金。

CEO介绍


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CEO:Richard Daly


Richard Daly是实验室基因测序和生物信息学的先驱,先后毕业于纽约大学和哈佛大学,在基因治疗医疗、基因工程行业有超过30年的从业经验。他在Baxter实验室工作了13年。 同时,Richard Daly也是提供医疗关怀和实验服务的Visible Genetics 公司的CEO。


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商业模式画布


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重要合作伙伴


2013年10月,DNAnexus宣布与贝勒医学院就“人类基因组测序”开展合作,共分析处理了3751个人类基因组。其中,DNAnexus对心脏和抗衰老的群体基因进行了研究,生成了430tb字节的数据。


2015年4月,中国药明康德公司向DNAnexus注资1500万美金,作为交换,DNAnexus公司将助力药明康德公司在基因组数据云端存储和基因分析处理等方面的研发工作。合作后,药明康德公司独有的基因组学数据库模型、临床和研究接口可以直接放置在DNAnexus云端使用,用户可以在同一平台上存储、展示测序数据,并且与全球同行共享。通过此次合作,既加强了药明康德在基因组领域的实力,也让DNAnexus公司的业务范围开始拓展到无限潜力的中国市场。


2014年7月,美国食品药品监督局(FDA)为响应奥巴马政府“精准医疗计划”中关于“尽快让人类的医疗计划可通过特定基因预测并私人定制”的号召,开始与DNAnexus合作,共同打造了Precision FDA平台,并于2015年12月15日正式开放。Precision FDA是一个基因组信息学的社区和数据共享平台,允许学界、业界的科研人员上传测序后的数据,也可各自运行不同的软件进行分析。平台之上的科学家聚在一起,共同使用数据,为NGS测序诊断提供了依据。


关键业务


三位一体的基因组云数据平台


DNAnexus平台代表了未来DNA数据储存和分析的方法,巧妙地将云计算基础设施、灵活的系统设计和专业的生物信息学结合在一起。

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所有上传的信息都会被放置在一起,这样就打破了数据重复和物理传输的限制。从公共基因数据库提取的数据、临床试验数据以及通过基因测序仪的测序数据进入到服务器后,DNAnexus平台会将分析程序加入服务器中进行计算,然后将分析得到的数据共享给订阅合作者,如药物研发团队、临床前研究团队及临床试验团队。DNAnexus也会使用这些基因数据进行生物药品研发。


(1)基因组研究中心


DNAnexus平台提供了一个可扩展、成熟的云计算基础架构。通过使用该平台,任何规模的实验室都可以构建一套在世界范围任何地方都能运行数据分析工作的流程,并通过数据整合,统一分析处理。在DNAnexus平台,基因组中心可以保持对所有用户和数据活动的控制。管理员可以为用户制作出多种形式的数据可视图,方便用户更好地进行基因组研究。


(2)测序服务提供商


DNAnexus提供了企业级的数据管理和一整套传送系统。云端的数据库消除了扩建和升级地方基础设施的时间和资本支出。DNAnexus平台还支持无限的存储和计算资源,并能为客户提供品牌化的客户体验,共享全球合作者的数据。无论客户的喜好、需求如何,DNAnexus都在尝试自定义一个终端到终端的解决方案,以满足客户的要求。


(3)生物制药研发


DNAnexus通过提供全球范围内的基因组和临床数据网络,来加速基因组临床结果对生物药物研发的影响。通过DNAnexus平台,生物制药公司及其合作伙伴能够顺利地搜索到患者健康状况和基因组之间的关系。而后,生物制药公司会使用DNAnexus与保健合作伙伴进行对接,最后在汇集了病人健康和基因组信息基础上,再结合临床试验,最终推动生物药物的研发。

全球基因组云数据市场分析


目前全球的基因组云数据市场可谓“群雄逐鹿”,与存储相比,数据的分析处理是整个基因云数据市场中的关键难点。目前全球涉及基因大数据的公司数以百计,除了DNAnexus,Seven Bridges Genomics 以及华大基因,都先后加入基因云数据的市场,开始抢占自己的市场份额。其中,Seven Bridges Genomics(SBG)旨在为用户提供免费的工具并帮助设计数据分析流程,并在2014年一举拿下美国国家癌症中心 580 万美元的癌症基因组云计算项目。


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此外,华大基因(BGI Oline)也提供基因组数据分析云平台服务,为测序项目提供一站式管理解决方案,希望能让用户轻松创建和运行复杂的数据分析流程。BGI平台还有特色地融入了华大自己研发的软件。


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当下,越来越多的基因组云数据平台横空出世,这些免费开源的云端平台在为基因公司和研究机构提供便利的同时,也收集到了大量的基因数据。当数据库越发完整和壮大后,更多的疾病将会与基因直接联系起来,一些基因药物将会被研发出来用在“精准医疗”上,而这一切前提是平台数据库的“完善”。就目前来看,DNAnexus的4轮融资都很顺利,资本方面没有太大问题;背后又有Google等大型股东的支持,在整个市场上占领一席之地应该问题不大,甚至可能会率先突围。


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美国人类基因组学专家杰弗里·里德曾说:大多数大学都无法提供计算资源来处理像人类基因组这么大量的数据,而DNAnexus平台能够让科研人员轻松、直接访问这些数据,这种方法是独一无二的。而在MIT《技术评论》公布的2015年度“全球最聪明的50家公司”中,DNAnexus排名45位。


2015年23andMe将搜集到的80万用户基因组数据出售获利6 千万美元,仅仅只是在一定程度上证明了数据的价值,因为大数据的价值并不单单在于“贩卖”得利,而在于“信息”分析后的价值。当数据量变得越大,数据背后可深挖的价值就会越来越大,而这都需要一个大数据平台的不断完善和革新,基因组云数据市场风起云涌,DNAnexus究竟能否逐鹿中原?我们拭目以待。


参考来源:

1.https://wiki.DNAnexus.com/Developer-Tutorials/Parallelize-Your-App

2.http://mp.weixin.qq.com/s?src=3&timestamp=1477150382&ver=1&signature=eou8F6ZCt91qU5Y58Fi1kyNc0QtRndl3Jf6MSp5xTIAAJvLDb7yNjcd6f0j6RUlEs88IXYaKkVHDaOeVfR4zqszLBBtiGW6g3Gu0PHLjIua8TTWHO0TKq9z4FijvjHK6M3UmPF5ZCa1DzFJgcUlS725xSBq1sfSkdfFQGJte7i0=

3.https://www.DNAnexus.com/genome-center-solutions

4.http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/38044/title/Cloud-Based-Genomics/

5.https://www.genomeweb.com/informatics/sensing-new-market-opportunities-DNAnexus-launches-paas-clinical-testing-market

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