吸金4500万美元——Seven Bridges Genomics将云端与基因组学完美结合

火石特约记者:王舒浩 2016-11-07 17:52 在线教育 来源:思达派 查看原文

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目前基因组数据已经成功运用于癌症治疗、疾病防控、人口发展、粮食农作物等领域,对人类的生活方式带来了技术性变革。Seven Bridges Genomics公司根据七桥问题这个核心数学问题开发出软件,在基因数据分析和存储领域建立了领先优势,并与亚马逊、谷歌在云端展开合作,将云端与基因组学完美结合。

火石特约记者:王舒浩

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公司名片


公司名称:Seven Bridges Genomics

创立时间:2009

公司属地:美国

所属行业:医疗健康

公司网址:www.sbgenomics.com

公司CEO:Deniz Kural

主要产品:基因组数据分析和存储服务

核心技术:Seven Bridge Platform

公司简介

Seven Bridges Genomics(SBG)公司成立于2009年,是一家致力于加速基因组学研究在癌症、药物开发和精准医学领域的发展的生物医学数据分析公司。它的可扩展七桥云平台可以与其他形式的生物医学数据一起快速协作分析数百万基因组。

Seven Bridges Genomics目前服务于政府、医药和科研实验室,包括三个世界上最大的基因组学项目:美国国家癌症研究所的癌症基因组学云计算、百万退伍军人计划和基因组学英国的100000基因组计划。


公司CEO


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Deniz是SBG公司的联合创始人兼首席执行官,负责监管大型软件系统的部署和研究开发工作,他在为世界上第一个大规模基因组学项目工作时有了创办七桥的灵感。Deniz基于图形的数据结构解决了如何有效存储和分析大规模基因组数据的问题,他还与哈佛医学院合作开发了下一代基因组测序仪Polonator。


2007年Deniz获得哈佛大学数学系的学士学位,并在波士顿学院获得基因组结构变异专业的博士学位。


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商业模式画布


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核心技术——Seven Bridge Platform


七桥平台是SBG公司的核心技术,它是一个用于生物信息学分析的云平台,是结合了数据存储、分析和解释生物信息数据的中心枢纽,七桥平台将分析管道与最大的基因组数据集并置,优化了数据处理过程,并可以根据需要分配存储和计算资源来满足不断增长的分析需求。


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Seven Bridge Platform的特点:

  • 自由的合作模式:七桥平台自由的合作模式适合分散型的研究团队,由于所有分析工具、数据和计算能力都存在云端或数据中心,只需拥有云端的用户名和密码,便可以随时随地与团队成员进行安全的协作;

  • 信息安全可靠:七桥平台各方面的设计都符合政府健康管理的各个标准,保证患者信息安全;

  • 完善的基础设施:七桥平台可以在可以在虚拟的云端、本地高性能计算环境或者两种环境混合中运行。七桥平台还是唯一一个可以在两个最大的公共基础设施提供商——亚马逊网络服务和谷歌云上运行的生物医学数据分析平台;

  • 可扩展性:除了优化并行运行的通道之外,用户可以在七桥平台上分析的数据量和类型是没有限制的,大大减少了基因组学数据的处理时间;

  • 丰富的应用程序和工作流程:七桥平台提供了完整的生物信息学工具和多种工作流程,维护了超过200种应用程序,确保用户可以及时使用;

  • 可视化:七桥平台提供了一套完全可定制的可视化工具,包括了为协作所创建的交互式基因组浏览器;

  • 再现性:用于分析中的每一个工具、版本、参数和数据点都被自动记录并可以点击查看;

  • 个性化软件开发:具有软件开发工具包(SDK),可以利用SDK在平台中使用自己的软件或私人工具;

  • 便捷的应用程序界面:具有应用程序界面(API)平台自动化的应用程序界面可以上传和管理数据、安装并启动分析渠道、探索并下载结果;

  • 高精确度:生物数据的准确分析是七桥平台的首要任务,因而采用了最先进的生物信息学工具并配有最好的分析渠道,在平衡准确性和速度之间平台将会确保前者。我们的研究团队不断改进并开发出了最准确的变体检测方法:Graph Genome,它是一个通过图谱表达和分析基因信息的自我完善系统,可以让科学家压缩数据进行分析,可以精确的检测单个变异基因。


产品服务


SBG公司为全世界范围内的科学家提供了基于网页界面的基因数据分析与共享的云计算平台,帮助设计数据分析流程并提供免费的工具。七桥平台上采用开源的免费软件,如下图SBG提供的数据分析服务,包括外显子组、全基因组、转录组分析。


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只要注册七桥平台用户,便可立即试用SBG平台数据分析服务。如果用户希望继续使用,SBG公司将根据用户的估计使用量进行定价,如果用户已拥有基础架构设施,储存或计算将不会有额外的成本,否则,SBG公司将为你提供本地的基础设施,并单独计费。


定价标准.pngSBG公司提供的不同数据分析和存储服务的定价标准

(图片来源:SBG官网)


重要伙伴


SBG公司研发的软件用于生物技术和制药公司以及国家政府,它也是在英美范围内唯一一家全国经营规模的生物信息公司。公司的合作伙伴有:Amazon、谷歌、AstraZeneca、Genentech、ThermoFisher、斯坦福大学、芝加哥大学和密歇根大学等。


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2014年,美国国家癌症研究所(NCI)推出“癌症基因组学云试点项目”(Cancer Genomics Cloud Pilot),对参与该项目的美国哈佛-麻省理工博德研究所、美国系统生物学研究所和Seven Bridges Genomics,分别资助700万美元、650万美元和580万美元,用于建设癌症基因数据库,为研究人员提供安全的数据访问权限,实现基因组数据访问的更加开放,并提供一个更具成本效益的方式,为癌症研究团体提供计算支持。


2016年1月,SBG宣布该公司大规模基因分析云平台正式在Google云平台上搭建。这是该公司第一次在公共云平台上搭建专业分析平台。该公司以其“黄金标准”和灵活的分析流程,可适应不同计算环境,不论是谷歌云平台,还是亚马逊服务器或其他公有平台。


2016年10月 SBG宣布其生物医学数据分析平台将由Cancer Moonshot的血液分析Atlas项目使用,该项目旨在加速用于癌症诊断和精确治疗的简单、准确和可靠的血液检查方法的开发过程。


融资情况


2016年2月,公司获得了4500万美元的A轮融资,这轮融资由Kryssen资本领投。这也是七桥公司自2009 年成立以来的首个机构融资。据公司总裁James Sietstra透露,公司之前主要养赖收入、从Western Technology Investment的借贷和个人投资。自2014年以来,公司还得到了国家癌症研究所580万美元、英国的基因组学小型企业研究计划约290万美元以及国立卫生研究院413万美元的投资合同。


竞争对手


2014年3月世界搜索巨头Google公司终于推出它的第一款产品Google Genomics,这款产品搭建了应用程序接口API,科学家们可以将DNA数据转移到Google的服务器,使用相同的数据库技术索引备份人类的基因数据。

Google表示只需要花费25美元/年,就可以存储一个独立自然人的原始基因组信息,大约为100GB大小。但是经过计算处理后的基因序列更加迷你,将会少于1GB,上传存储到云端的费用也更少,仅仅只需要0.25美分/年。


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癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)项目在2006年首先作为试点项目,任务是产生所有类型肿瘤变化的综合全景图,旨在对癌症生物学获得新的见解,可能用来开发更好的治疗方法。TCGA数据已被用来寻找新的突变,定义固有的肿瘤类型,确定泛癌症的异同,揭示耐药机制和收集肿瘤进化的证据。


近10年以来,项目总投资共有3.75亿美元,TCGA包含了来自16个国家150多位研究人员的科学贡献,征集了来自超过25种不同癌症的100,00份肿瘤。它的20字节数据包括1000万个突变,到目前为止它们已经发表在TCGA研究网络的17种出版物上,并被数百篇论文引用。这些惊人的数字反映出项目的指数增长,通过样本收集、测序和分析技术的快速发展,这一切都成为可能。


2016年2月,SBG公司宣布利用开发的癌症基因云,向科学家们提供直接途径来使用世界上最大的基因数据组:癌症基因组图谱(TCGA),也提供了用于分析这些数据的计算资源。

SBG总裁James Sietstra表示“SBG的优势在于其灵活性,能构建在多种基础平台上,迅速帮助新项目的启动和运行。”


信息来源:

http://sanwen8.cn/p/162EzAD.html

http://www.biotech.org.cn/information/138176

http://www.bio360.net/news/show/21324.html

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